中国水资源主要赋存于河流、湖泊、水库、沼泽等地表水生态系统与地下水生态系统中。

河流生态系统主要有松花江、辽河、海河、黄河、淮河、长江、珠江等；淡水湖泊生态系统主要有太湖、鄱阳湖、洞庭湖、洪泽湖、巢湖、洪湖、南四湖、白洋淀、呼伦湖、长白山天池、镜泊湖、滇池、博斯滕湖等。

由于气候、地形等自然条件与人口众多等社会经济条件的影响，中国水资源呈现如下特点：

水资源总量较丰富，但人均、耕地亩均占有量少。中国多年平均降水总量为60854亿立方米，折合降水深643毫米。多年平均水资源总量为27741亿立方米，居世界第六位，其中地表水资源量26691亿立方米，折合径流深282毫米，地下水资源量8087亿立方米。中国幅员辽阔，人口众多，人均水资源量2200立方米，仅为世界平均水平的1/4；耕地亩均水资源量1440立方米，为世界平均水平的60%。

水资源空间分布不均，与生产力布局不匹配。北方水资源贫乏，南方水资源丰富，且相差悬殊。北方六个水资源区(松花江区、辽河区、海河区、淮河区、黄河区、西北内陆河区)面积占全国的63.5%，人口占全国的46.1%，GDP占全国的44.5%，耕地面积占全国的60.5%，而水资源总量却只占全国总量的19.1%。南方四个水资源区(长江区、珠江区、东南诸区、西南诸区)面积占全国的36.5%，人口占全国的53.9%，GDP占全国的55.5%，耕地面积占全国的39.5%，而水资源总量却占全国总量的80.9%。

水资源年内、年际分配不均，造成旱涝灾害频繁。受东南季风气候影响，中国降水量年内分配极为不均，大部分地区年内连续4个月降水量约占全年的70%，南方水资源区一般出现在4月～7月，北方水资源区一般出现在6月～9月。中国水资源年际变化大，七大江河普遍具有连续丰水或枯水年的周期性变化，丰水年与枯水年水资源量的比值南方水资源区为3.0～5.0，北方水资源区顶峰可达10.0。水资源时间分配上的不均，造成北方水资源区干旱灾害和南方水资源区洪涝灾害频繁发生，也使南方水资源区常出现季节性干旱缺水。